Si hablas de ventajas y desventajas evolutivas, la celula eucariotica tiene mucho menos probabilidades de mutar debido a que su maquinaria de replicacion del ADN tiene menor taza error que la de una celula procariota. La celula procariota puede tomar ADN del medio e incorporarlo en su ADN, puede conjugarse con otra bacteria, mientras la celula eucariota no puede hacer todo esto ultimo. La celula eucariota puede formar organismos superiores mientras las bacterias no. Su ADN no esta desnudo sino con histonas. Las ventajas y desventajas dependen del ambiente del que se trate, por ejemplo: en ambientes con condiciones extremas (altas tenperaturas por ejemplo), las bacterias son las unicas que suelen colonizarlos. Las celulas eucariotas se encuentran en ciertas condiciones unicamente mientras las bacterias explotan todos los nichos de la tierra.
