Desventajas:
*La Historia Clínica Electrónica es costosa en principio. Requiere tecnología, cambios en la planta física, personal adicional y por supuesto un tiempo de empalme entre los dos métodos.
*Temor, desconfianza: es normal que ante una nueva medida, en especial aquellas que necesitan la implementación de nueva tecnología (que puedeser desconocida para parte del personal) se ofrezca resistencia inicial.·
*Sensible a las caídas del sistemas, lo cual hace bajar su disponibilidad.
*Dependencia de la tecnología.
* Seguridad: en teoría la Historia Clínica Electrónica puede ser más segura que la de papel por los mecanismos de control y acceso que sobre ella se pueden implementar.
* Intervención de personal ajeno a la salud.
*Pérdida del control.
* No permite el registro simultáneo de datos del mismo paciente por dos o mas usuarios del equipo de salud. Por ejemplo el médico y la enfermera no pueden manipular al mismo tiempo la HC del mismo paciente.
*Posibles daños de la historia clínica causados por Software dañinos como los virus.
*En su principio, mientras el personal se adapta, puede afectar la relación entre el que presta el servicio de salud y el usuario.
