-Los hongos son eucariotas (no poseen núcleo) mientras que las bacterias son procariotas (tienen un núcleo bien definido)
-Las bacterias se consideran microorganismos unicelulares que sólo se pueden ver con un microscopio, mientras que los hongos son microorganismos más complejos.
-Las bacterias tienen 3 formas distintivas, mientras que los hongos tienen diversas formas.
-Las bacterias se reproducen sexualmente mediante fisión binaria mientras que los hongos son capaces de reproducirse tanto sexual como asexualmente.
-Los hongos son conocidos por ser heterótrofos, es decir que no pueden fabricar su propio alimento. Las bacterias pueden ser heterótrofas o autótrofas (que fabrican su propio alimento a partir de energía luminosa o química).