Los procesos de transporte de especies tienen como consecuencia que las especies -tanto las exóticas como las del ecosistema receptor- se enfrentan a situaciones ambientales nuevas, para las que no han sufrido un proceso de adaptación por selección natural. Aunque muchas de las especies introducidas desaparecen, la persistencia de algunos ejemplares puede desencadenar una serie de efectos, a menudo difíciles de predecir. Si bien la extinción de especies es una constante a lo largo de la historia de la vida, las extinciones causadas por el hombre tienen una serie de características que las hacen diferentes e indeseables. Las EEI son la primera o la segunda causa de pérdida de biodiversidad, según fuentes que barajan, probablemente, diferentes puntos de vista. Según el Libro Rojo de la UICN de 2004, las EEI son responsables de poner en peligro al 5,4% de las especies con algún grado de amenaza (1284 de 23.675).
Las EEI:
1. Pueden provocar el desplazamiento de especies nativas.
2. Las EEI pueden hibridarse con las especies nativas con la consiguiente contaminación genética.
3. Las EEI pueden alterar las redes de interacción entre especies de la comunidad.
4. Las EEI pueden alterar las condiciones del ecosistema nativo.
