En prisión, Atahualpa ofreció a cambio de su liberación llenar dos habitaciones de plata y una de oro "hasta donde alcanzara su mano", los españoles aceptaron y de inmediato se mandó la orden a todo el imperio inca de que enviasen la mayor cantidad posible de oro y plata hacia Cajamarca.31 Después de cumplir su parte los españoles lo sentenciaron a muerte por idolatría, fratricidio, poligamia, incesto y lo acusaron de ocultar un tesoro.Al alegar que según su creencia su cuerpo debía ser embalsamado para lograr su resurrección en el otro mundo, el cura Valverde le concedió una última opción: ser bautizado como cristiano y luego ahorcado. Al aceptarla fue bautizado con el nombre cristiano de Francisco. Se cree queFrancisco Pizarro lloró su muerte.32 (Pedro Pizarro narra en su crónica: "yo vi llorar al Marqués").Fue ejecutado el 25 de julio de 1533. La noticia de su muerte originó una gran anarquía, muchas etnias dominadas por los incas se sublevaron e intentaron recuperar su independencia.33Fue enterrado en la iglesia de Cajamarca pero unos días después su cadáver desapareció misteriosamente; probablemente sus súbditos lo rescataron para momificarlo y enterrarlo junto con sus antepasados.34 35Tras su muerte, muchos incas partidarios de Huáscar (como Manco Inca) se unieron a los españoles para derrotar a Chalcuchimac, Quisquis y los demás partidarios de Atahualpa.Entre los huilliches del sur de Chile existe la creencia de que el Rey Inca, o Rey Inca Atahualpa, retornará un día e irá a ellos para gobernarlos con justicia y darles bienestar
