Durante estos 186 millones de años no se produjeron grandes movimientos orogénicos. Los continentes gradualmente van adquiriendo su configuración actual. El clima fue excepcionalmente cálido durante todo el período, desempeñando un papel importante en la evolución y la diversificación de nuevas especies animales.
En esta era desaparecieron grandes grupos de animales como los trilobites, graptolites y peces acorazados. Los invertebrados característicos de este período fueron los amonites, de caparazón con forma de caracol, y los belemnites, más pequeños y con el caparazón alargado y puntiagudo, entre otros equinodermos, braquiópodos y cefalópodos. Se desarrollaron ampliamente los vertebrados, sobre todo los reptiles, por lo que a la Era Secundaria se le llama también la Era de los reptiles o Era de los Dinosaurios. En esta era aparecen también los mamíferos, las aves, y las angiospermas o plantas con flores.
En comparación con la vigorosa convergencia de placas formadora de montañas de finales de la Era Paleozoica, las deformaciones tectónicas del Mesozoico fueron relativamente leves. Sin embargo, la era destaca por la dramática fragmentación del supercontinente Pangea. Pangea gradualmente se dividió en un continente norte, Laurasia y un continente sur, Gondwana con apertura del océano Atlántico. Esto creó el margen continental pasivo que caracteriza a la mayor parte de la costa atlántica actual.[4]
A finales de la era, los continentes se habían fragmentado a casi su forma actual. Laurasia se convirtió en América del Norte y Eurasia, mientras que Gondwana se dividió en América del Sur, África, Australia, Antártida y el subcontinente indio, que colisionará con la placa asiática durante el Cenozoico.
La formación de la cordillera de los Andes comenzó en el Jurásico, pero fue durante el Cretácico cuanto tomó su forma actual. Se debió al movimiento de subducción de la placa de Nazca por debajo de la placa Sudamericana. A finales del Cretácico comenzó la orogenia Laramide, que continuaría durante la primera mitad del Cenozoico y que formó las montañas Rocosas.
