La importancia biológica del reino protista es que éstos son productores y consumidores primarios de la cadena alimenticia, capaces de descomponer materia orgánica, y otorgar fertilidad a los suelos, sirven como indicadores geológicos y son además importantes productores de oxigeno.
Son de vital importancia para el ecosistema marino, ya que forman parte del plancton, imprescindibles en la formación de corales pues otorgan a los mismos carbonato de calcio y les aporta el color rojo característico.
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